Laboratorium IPA sangat penting dalam mendukung proses pembelajaran sains. Kegiatan praktikum di SMA Assisi Pematangsiantar ditunjang dengan adanya Laboratorium Fisika, Kimia, dan Biologi. Laboratorium ini dilengkapi dengan peralatan praktikum yang cukup lengkap dan juga fasilitas multimedia, untuk lebih menunjang praktikum di Laboratorium
Kegiatan praktikum di Laboratorium IPA dilakukan dengan menerapkan Moving Class pada waktu KBM (Kegiatan Belajar Mengajar) Fisika, Kimia dan Biologi.
